أوكلت مسألة الدفاع عن قطاع غزة للفرقة الفلسطينية 20. وضمت هذه الفرقة لوائين من سلاح المشاة، وكتيبتين من
سلاح المدرعات، وكتيبتين من المدفعية الميدانية، وكتيبتين من الحرس الوطني، وثلاثة كتائب من احتياط سلاح المشاة، وكتيبة 329 من الكوماندو الفلسطيني، وكتيبة الفدائيين 141، وخمس كتائب من المقاومة الشعبية، والتي تم تنظيم صفوفها في منتصف شهر أيار أي عشية اندلاع الحرب.
وخصصت القيادة الإسرائيلية العامة فرقة مشاة مكونة من أربع كتائب من سلاح المشاة ووحدات دعم ترافقها، مكونة من دبابات ومصفحات ومظليين استخدموا المدرعات على أنواعها. وأشارت دراسات وأبحاث القيادة العامة إلى صعوبة التحرك في قطاع غزة بسبب كثافة المنازل وضيق الطرقات بينها وكثرة مدرجات الأراضي الزراعية، ما يصعب تنفيذ العمليات العسكرية بسهولة وبصورة خاطفة.
وتململت في البداية القيادة العسكرية ووزير الدفاع الإسرائيلي في مسألة الهجوم على القطاع، وساد الاعتقاد أنه بسبب الظروف الجغرافية ـ الميدانية قد تنجح القوات المصرية ـ الفلسطينية من الالتفاف على الفرق العسكرية الإسرائيلية. إلا أن القرار العسكري كان أقوى في القيادة العامة في إسرائيل فأعطيت إشارة البدء بالهجوم على القطاع بأكمله.
وكانت خطة الجيش الإسرائيلي أن تصل قواته بأسرع ما يمكن إلى مفترق خان يونس ومنه تستمر في الهجوم والتقدم نحو الشمال بحيث تنجز في يوم واحد بلوغها إلى المنطار وغزة المدينة. وشملت الخطوة الثانية سيطرة سريعة وخاطفة على دير البلح واحتلال محيط منطقة المنطار. ونفذت القوات الإسرائيلية عمليات مجازر وقتل، وهدمت كل ما اعترض طريقها.
وجددت القوات الإسرائيلية المُهاجمة قصفها على معظم مدن وبلدات القطاع في اليوم التالي للمعارك، أي في السادس من حزيران، بواسطة تكثيف نشاط وتحرك فرق المظليين والمشاة وكتائب المدرعات والمصفحات. ولكن بالرغم من حجم القوات الإسرائيلية الكبير إلا أنها لم تتمكن في اليوم الثاني للمعارك من احتلال خان يونس جراء المقاومة الباسلة التي أظهرها الفلسطينيون وفرق من الجيش المصري كانت مرابطة هناك.
وبعد حصار قوي ومعارك عنيفة وضارية تمكنت القوات الإسرائيلية من احتلال خان يونس وبقية مناطق القطاع حتى مساء السابع من حزيران.
