تأسست هذه المدرسة في العام 1931. إقامة هذه المدرسة كان بفضل تبرع مالي كبير خلفه الثري اليهودي البريطاني السير أليس كدوري بقيمة 140 ألف جنيه إسترليني لحكومة الانتداب البريطاني في فلسطين بهدف إقامة مدرسة زراعية في فلسطين. ووقع نزاع بين حكومة الانتداب وبين الوكالة اليهودية حول تفسير محتوى وصية السير كدوري فيما يتعلق وإنشاء المدرسة الزراعية في فلسطين.
وبموجب التسوية التي تم التوصل إليها في الموضوع تم إقامة مدرستين زراعيتين تحملان الاسم ذاته(خضوري): الأولى لليهود في الجليل الأسفل والثانية للعرب بالقرب من مدينة طولكرم. وانطلقت العملية التعليمية في مدرسة "كدوري"(هكذا تسمى المدرسة في أوساط الإسرائيليين) في العام 1934 والتعليم فيها لمدة سنتين، وبقي الوضع على هذه الحالة حتى العام 1954. ودرس الطلاب فيها في الفوجين الأولين ضمن نظام داخلي. وتم ضم حوالي 2000 دونم للمدرسة بما فيها زرائب لتربية المواشي والدواجن وتربية النحل لإنتاج العسل. وأشرفت حكومة الانتداب البريطاني على هذه المدرسة بصورة مباشرة. واهتم مديرو المدرسة بتنمية القيم الطلائعية والاستيطانية والأمنية في أوساط الطلاب اليهود في المدرسة، ما ساعد في اندماجهم، فيما بعد، في المنظمات العسكرية اليهودية تمهيدا لخوض العمليات الحربية في العام 1948 ضد العرب والانجليز.
وكانت شروط القبول للمدرسة شديدة للغاية، خاصة التركيز على مكانة المستويين: النظري والعملي. وكانت مواضيع التدريبات العسكرية تحت رعاية منظمة الهاغاناه. وانتسب عدد كبير من خريجي هذه المدرسة إلى صفوف البالماح، حتى بلغ الأمر أن الموهوبين في مدرسة "كدوري " هم أعضاء في البالماح.
وحصلت تغييرات جذرية بعد العام 1948 عندما أصبحت المدرسة تحت سلطة وزارة التربية والتعليم الإسرائيلية، حيث تم استيعاب أبناء المستوطنات الجديدة وبلدات التطوير في المدرسة. وفُتحت تخصصات مهنية جديدة، وجرى الاهتمام المُركّز بالطلاب ذوي الاحتياجات الخاصة، وأُنشئت مدرسة إعدادية في العام 1977 والتي بدأت باستيعاب طلاب من المناطق القريبة دون أن يكونوا ملتزمين في النظام الداخلي(أي المبيت في المدرسة). وهكذا بدأت المدرسة تتخلص شيئا فشيئا من القسم الداخلي فيها، وبالتاي ارتفعت مطالب أولياء أمور الطلاب بإدخال مواضيع نظرية وعملية أكثر مما هو قائم، مع التخفيف من المواضيع الزراعية.
وللإشارة هنا، أن مدرسة خضوري في طولكرم ما زالت تعمل تحت إشراف وزارة التربية والتعليم في السلطة الوطنية الفلسطينية، وما زالت تحافظ على رسالتها الأولية في كونها مدرسة زراعية، إضافة إلى تدريس المواد الأخرى.
