تأسس هذا الاتحاد في العام 1913 بصفة اتحاد مناطقي للمزارعين اليهود في فلسطين، وعُرف أولاً باسم " اتحاد المستوطنات في يهودا". ثم اتحاد مستوطنات الجليل في العام 1914. وفي مطلع سنوات العشرين من القرن الماضي تأسس الاتحاد القطري للمستوطنات، وفي العام 1927
أُقيم "الاتحاد العام للمزارعين في فلسطين". وعملت إلى جانب هذا الاتحاد هيئات أُخرى اعتنت بقضايا وشؤون المزارعين اليهود، منها :" اتحاد مستوطنات الجليل"، و " اتحاد المزارعين الوطنيين" وغيرها.
وشهد اتحاد المزارعين في فلسطين تطورا عميقا مع مرور السنين إلى أن أصبح يمتلك نفوذا واسعا في المجالين السياسي والاقتصادي. وشارك الاتحاد في انتخابات المؤسسات التمثيلية الصهيونية في فلسطين، وفي حالات معينة عندما لم تتوافق خطوط سياسته مع سياسة الهيئات والمؤسسات الصهيونية في الييشوف كان الاتحاد يعلن عن مقاطعة الانتخابات والجلسات النقاشية والمصيرية. وحصل صراع شديد للغاية بين الاتحاد وبين الهستدروت (نقابة العمال العبريين العامة في فلسطين) في فترة الانتداب البريطاني، وذلك بسبب قيام الاتحاد بتشغيل أيد عاملة رخيصة دون انتساب إلى نقابة العمال المذكورة، وفي غالبيتهم من العمال العرب الفلسطينيين. ونشطت قوى يهودية مدفوعة من قبل الهستدروت إلى تنظيم إعتصامات عند مداخل المستوطنات والبيارات والحقول لإبراز أهمية العمل العبري دعما للمشروع الصهيوني الساعي إلى إقامة دولة يهودية في فلسطين، ولمعارضة تشغيل عمال عرب في حال توفر عمال يهود حتى لو كانت أجرة الأخيرين عالية.
وعمل الاتحاد طيلة فترة وجوده على إنشاء مستوطنات زراعية جديدة وإلى دعم مستوطنات قائمة. وأصدر الاتحاد في السنوات 1929-1939 مجلة اسبوعية حملت اسم "البستاني" وحررها الكاتب العبري المعروف في ذلك الوقت موشي سميلنسكي، والذي ترأس الاتحاد لفترة طويلة.
ولما أٌُقيمت اسرائيل حُول اسم الاتحاد إلى " اتحاد المزارعين في اسرائيل". ويضم الاتحاد في مطلع القرن الحادي والعشرين أكثر من 40 مستوطنة بصفة أعضاء في الاتحاد، إضافة إلى أن الاتحاد يوفر مساعدات مالية وإرشادية لأكثر من 60 مستوطنة.
ويعالج الاتحاد ضمن اهتماماته ومهامه قضايا مهنية واقتصادية واجتماعية تخص شرائح الأعضاء والشركات الأعضاء فيه. ويهتم الاتحاد بقضايا تسويق المنتجات الزراعية والبحث عن أسواق جديدة لتصريف المنتجات. وتقوم جمعيات وهيئات تابعة للاتحاد بتنظيم نشاطات ومشاريع هذا الاتحاد، منها تطوير مجمعات تجميع المنتجات وتغليفها وتسويقها. ويدير الاتحاد مؤسسات ونوادي شبيبة توفر الخدمات التربوية والثقافية والاجتماعية لأبناء المزارعين والموظفين العاملين في هذا الاتحاد. ويدير الاتحاد مدرسة زراعية عصرية في مستوطنة برديس حنة إلى الجنوب من حيفا، على بعد 30 كيلومترا.
