أصدرت الحكومة الاسرائيلية قرارها بإقامة هذا المجلس في آذار العام 1999 في ظل حكومة نتنياهو (الليكود). تولى رئاسة المجلس دافيد عبري بتوصية من وزير الدفاع آنذاك موشي آرنس. ومما جاء في القرار أن هذا المجلس هو عبارة عن هيئة استشارية لرئيس الحكومة والحكومة في القضايا
والشؤون الأمنية، وخاصة ما يتعلق بالأمن القومي العام لإسرائيل، وأيضاً يطرح تصورات مستقبلية للأمن القومي. ويقوم المجلس بتركيز الفعاليات والنشاطات الأمنية بين قوى الأمن في اسرائيل ليكون جسماً واحداً أمام هيئات أمنية خارجية. واتخذ قرار بأن لا يتولى هذا المجلس أي شأن له علاقة بمسيرة السلام. ورغم وصول حزب العمل إلى السلطة في انتخابات الكنيست الخامسة عشرة فإنه - أي حزب العمل - لم يبادر إلى إلغاء المجلس إنما منحه نفحة جديدة من العمل، خاصة بعد تعيين عوزي دايان رئيساً له ومستشاراً للأمن القومي لرئيس الحكومة. ويبدو أن هذا المجلس يسعى ليكون شبيهاً بمجلس الأمن القومي الأميركي، والذي يعتبر هيئة ذات قوة ونفوذ في طرح قضايا أمنية تخص الدولة، سواء على المدى القريب أو البعيد.
